处理港澳问题总的方针是“一国两制”，具体方针政策包括“港人治港”、“澳人治澳”和高度自治等。为保障国家对港澳基本方针政策的实施，根据宪法，全国人大先后制定《香港基本法》和《澳门基本法》，规定特别行政区实行的制度。

　　(一)港人治港

　　港人治港是邓小平于20世纪80年代提出的解决香港问题新构想，指香港特别行政区的行政机关和立法机关由香港永久居民组成而不是由中央政府派内地人去任职。

　　邓小平于1984年6月22日、23日在分别会见香港工商界访京团和香港知名人士钟士元等人时正式提出“港人治港”。他说，要相信香港的中国人能治理好香港，不相信中国人有能力管好香港，这是老殖民主义遗留下来的思想状态。香港过去的繁荣，主要是以中国人为主体的香港人干出来的。中国人的智力不比外国人差，中国人不是低能的，不要总以为只有外国人才干得好，要相信我们中国人自己是能干得好的。同年12月正式签署的《中英联合声明》规定：“香港特别行政区政府由当地人组成”，这是“港人治港”的具体体现。“港人治港”并不否定外籍人士在港任职的现实和可能，《中英联合声明》规定：“原在香港各政府部门任职的中外籍公务、警务人员可以留用。香港特别行政区各政府部门可以聘请英籍人士或其他外籍人士担任顾问或某些公职。”此内容后来也被法律化，《香港基本法》第一百零一条规定：“香港特别行政区政府可任用原香港公务人员中的或持有香港特别行政区永久性居民身份证的英籍和其他外籍人士担任政府部门的各级公务人员”，“香港特别行政区政府还可聘请英籍和其他外籍人士担任政府部门的顾问，必要时并可从香港特别行政区以外聘请合格人员担任政府部门的专门和技术职务。上述外籍人士只能以个人身份受聘，对香港特别行政区政府负责”。

　　港人治港有个界限和标准，就是必须由以爱国者为主体的港人来治理香港。邓小平在20世纪80年代就提出，未来香港特别行政区政府主要成分是爱国者，当然也要容纳别的人，还可以聘请外国人当顾问。爱国者的标准是，尊重自己民族，诚心诚意拥护祖国恢复行使对香港的主权，不损害香港的繁荣和稳定。只要具备这些条件，不管他们相信资本主义，还是相信封建主义，甚至相信奴隶主义，都是爱国者。这一标准后来在《香港基本法》中得以体现。《香港基本法》第一百零四条规定：“香港特别行政区行政长官、主要官员、行政会议成员、立法会议员、各级法院法官和其他司法人员在就职时必须依法宣誓拥护中华人民共和国香港特别行政区基本法，效忠中华人民共和国香港特别行政区。”

　　(二)澳人治澳

　　澳门是中国的特别行政区域，由于历史原因，居民成分复杂，但居民中97%以上是中国同胞。为了保持澳门回归后的继续繁荣和稳定，充分发挥澳门居民当家作主的热情和聪明才智，保证澳门高度自治的实现，中央制定了澳人治澳的原则。澳人治澳，即澳门特别行政区自治范围内的事务由澳门当地人自己管理，它是中华人民共和国对澳门实施的基本方针政策的主要组成部分。中国政府在《中葡联合声明》中指出：“澳门特别行政区政府和澳门特别行政区立法机关均由当地人组成。”此原则在《澳门基本法》中也得以体现，《澳门基本法》第三条规定：“澳门特别行政区的行政机关和立法机关由澳门特别行政区永久性居民依照本法有关规定组成”，在特别行政区任职的公职人员除在原澳门的留用人员、葡籍和外籍顾问外，都必须是永久性居民。“澳人治澳”并不否定外籍人士在澳任职的现实和可能，《中葡联合声明》规定：“原在澳门任职的中国籍和葡籍及其他外籍公务(包括警务)人员可以留用。澳门特别行政区可以任用或聘请葡籍和其他外籍人士担任某些公职。”此内容后来也被法律化，《澳门基本法》第九十九条规定：“澳门特别行政区政府可任用原澳门公务人员中的或持有澳门特别行政区永久性居民身份证的葡籍和其他外籍人士担任各级公务人员，但本法另有规定者除外”，“澳门特别行政区有关部门还可聘请英籍和其他外籍人士担任顾问和专业技术职务。上述人员只能以个人身份受聘，并对澳门特别行政区政府负责”。

　　(三)高度自治

　　依据《中华人民共和国香港特别区基本法》和《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》的规定：香港、澳门两个特别行政区都直辖于中央人民政府，除国防和外交事务属于中央人民政府管理外，特别行政区享有高度的自治权。特别行政区享有的高度自治权，在行政、立法和司法等方面都有具体的体现。

　　第一，在行政方面的自治权。特别行政区享有行政管理权。香港、澳门两个特别行政区都拥有自己单独的财税制度、货币发行体系和金融政策决定权。特别行政区保持财政独立，财政收入全部用于自身需要，不上缴中央人民政府。特别行政区实行独立的税收制度。港元、澳元分别为港澳特别行政区的法定货币，继续流通。特别行政区不实行外汇管制政策，货币自由兑换。在对外贸易方面，特别行政区保持自由港地位，实行自由贸易，除法律另有规定外，不征收关税。特别行政区为单独关税区。此外，特别行政区在出入境管制，土地契约，航运，民用航空和教育、科学、文化、体育、宗教、劳工和社会服务等方面也都享有高度自治权。

　　第二，在立法方面的自治权。特别行政区享有立法权。立法会为特别行政区的立法机关。立法权，除了有关外交、国防和其他按基本法规定不属于特别行政区自治范围的法律，特别行政区不能自行制定外，其余所有民事的、刑事的、商事的和诉讼程序方面的法律都可以制定。

　　第三，在司法方面的自治权。特别行政区享有独立的司法权和终审权。特别行政区法院除继续保持本地原有法律制度和原则对法院审判权所做的限制外，对特别行政区所有的案件均有审判权。特别行政区法院对国防、外交等国家行为无管辖权。特别行政区法院在审理案件中遇有涉及国防、外交等国家行为的事实问题，应取得行政长官就该等问题发出的证明文件，上述文件对法院有约束力。

　　此外，在对外事务方面，特别行政区依法可以“中国香港”或“中国澳门”名义在经济、贸易、金融、航运、通讯、旅游、文化、体育等领域单独同世界各国、有关国际组织保持和发展联系，签订和履行有关协议。